Половой зрелости достигают в возрасте 18-24 месяцев. Для нереста используют аквариум объёмом около 50 л и длиной от 50 см, с плавающими широколистными растениями на поверхности и укрытиями (коряги, керамические горшки набок) на дне. Нерест стимулируют повышением температуры до 26-28°C и снижением жёсткости до 3-4°, в фильтр добавляют немного торфяной крошки. Перед нерестом самец строит у поверхности воды, среди листьев плавающих растений, пенное гнездо. Самка выметывает в гнездо около 1000 мелких икринок; икра с жировой оболочкой сразу всплывает на поверхность, где её собирает ртом самец и переносит в гнездо. Сразу после икрометания самку отсаживают, а самец ухаживает за икрой. Икра инкубируется 24 часа, а ещё через 3 суток появляются мальки, которые сразу начинают плавать и питаться — в этот момент отсаживают и самца. Мальков кормят коловратками и науплиями. Продолжительность жизни карликовой ктенопомы в аквариумных условиях составляет около 6 лет.